Waver Velvet, el joven que luchó codo con codo con Iskandar durante la Cuarta Guerra del Santo Grial de Fate/Zero. El tiempo ha pasado y ahora Waver, más maduro, ha adoptado el nombre de Lord El-Melloi.
Como El-Melloi II, enfrenta todo tipo de casos mágicos y místicos en la Torre del Reloj, la meca de todos los magos.
En un planeta desconocido se ha desarrollado un mundo nuevo. La perfección es su máximo objetivo y las personas se han convertido en máquinas y son dominadas por ellas. Una antigua creencia les hace pensar en negros augurios cuando nacen gemelos, por ello cuando la reina da a luz a un niño y una niña un guerrero se lleva a la pequeña ocultándole el hecho a la madre. Estos personajes quieren liberarse del yugo de las máquinas y luchan contra ellas, siendo ayudados por una extraña guerrera que luego se demuestra es la hermana del rey. Reunidos de nuevo los dos niños, descubren un nuevo planeta, donde la naturaleza reina a sus anchas, plena de vegetales y vida, partiendo hacia allí para crear un nuevo mundo.
Asumiremos el papel del protagonista, quien sale de su pueblo natal en busca de “la isla de las estrellas” de la que hablaba una carta de sus padres y se topará con una misteriosa niña que huye del imperio, llamada Lyria.
La historia gira entorno a Asta, un chico bullicioso y sin aparente talento mágico y Yuno, su amigo y rival, el cual es un genio en el uso de la magia. Ambos tienen sueños de convertirse en el Rey Mago, para cumplir la promesa hecha por ambos durante su infancia, uno de los dos debe ser el mago más fuerte.
Se centra en una “habitación perdida” (Lost Room) en la que podemos encontrar aquello que se perdió (o a los que lo perdieron). Este lugar, que no pertenece a nadie, yace olvidado en un rincón de Chaldea.
